还有一种说法是，曾任上海房地局土地利用管理处处长、被称为上海土地反腐风暴中倒下的第一个“土地爷”的朱文锦，2006年5月被捕后，纪委在调查时，他供出了他的顶头上司殷国元。于是，有关部门对殷国元立案调查
据一位知情人透露，“殷国元是2007年4月某个周五晚上10时30分，被有关部门从飞机场直接带走的，据说是被人检举，案发导火线则是和一家楼盘的土地审批直接相关”。不过,记者在采访中,并未得到相关人士的证实。
记者采访中还发现，媒体对殷国元案发后，其房产到底有多少的问题，报道说法不一，有的报道说是有50套，有的报道说是有10多套。但趋向一致的报道是，他所拥有的房产至少有30套，而每套现价值在300万元以上，总值在一亿元以上，可能还有未被发现的大量房产。
1月25日，检察机关起诉称，从2000年到2004年，殷国元利用职务便利，为上海惠格置业发展有限公司等房地产开发商，在个人与单位土地利用、拆迁许可等事项上，谋取利益，并于2002年到2006年间，单独或伙同其妻陈某多次索取、受贿数额总计人民币3671万余元。
截至案发时，殷国元拥有的财产及支出共计价值4952万余元和美元4万余元。其中，尚有人民币812万余元和美元4万余元未能说明合法来源。
检察机关还发现，殷国元将其在服役时获取的军用子弹52发藏匿于家中。经鉴定均系国产51式手枪弹，是有效子弹。