2005年，湖北某开发商在上海松江获得一幅工业配套用地，准备开发物业，但开发的物业是以办公物业性质出售或出租，需要办商用物业产权证，这与土地使用性质相关规定存在冲突。起初，由于这位开发商首次在上海开发项目，关系不熟，“政府资源”很少，问题迟迟没能解决。后来，这位房地产商通过关系找到了殷国元，而殷国元开出了50万元的“咨询费”。但终因“咨询费”过高，这位老板不得不放弃。

　　还有一位上海知名的房地产开发商，为一块在上海虹桥的土地问题找到殷国元，他开口就索取50万元的“咨询费”。此前，该开发商曾预支给他20万元，虽然最终托其所办的事情未果，但殷国元也未退还开发商已付的20万元。

　　就在殷国元准备在上海土地学会以专家身份安度晚年的时候，“上海社保案”案发，诸多官员落马，其中就包括2006年11月份被抓的他曾经的下属朱文锦，官方指控其“利用职务上的便利，为他人谋取利益，非法收受他人现金、贵重物品等财物”。

　　朱文锦被抓后，上级部门开始调查上海房产领域存在的问题。这样，由于担心出事，殷国元减少了自己在媒体曝光的机会，此后, 殷国元精神比较紧张，“喝咖啡喝得特别勤”。

　　但殷国元终究没有逃离被查的命运。2007年4月,有关部门对殷国元实施“双规”。