但与其他地方不同，南通的土地储备机构还接受市政府委托履行国有土地资产代表职责。对国有企业改革中的土地使用权作价出资(入股)部分进行管理、收取企业改革中以租赁方式处置的土地使用权租金和其他用地者按规定向政府缴纳的租金。这在全国是惟一的。

　　此外，南通对于土地储备资金的使用也有很详细的规定，早在2000年出台的《南通市市区土地资产投资储备资金财务管理办法(试行)》中明确要求，土地储备收购方案须经市国土规划局审核同意并报市财政局备案，其中土地收购价高于土地评估价的，须经市国土规划局、财政局审核同意。

　　同时还要求在土地储备收购中，实际收购费用低于批准的协议收购价的，按节约金额的10%增加市土地资产储备投资中心业务费，高于批准的协议收购价的按超支金额的10%减拨市土地资产储备投资中心业务经费。

　　在新出台的《土地储备管理办法》中，规定土地储备实行计划管理，土地储备机构举借的贷款规模应与年度土地储备计划、土地储备资金项目预算相衔接，并经同级财政部门批准，不得超计划、超规模贷款。业内人士指出，这一条款借鉴了南通市的规定。