事实上，建保障房的亏损问题一直未能很好解决。保利地产董事长宋广菊曾坦言，广州西子湾项目的利润有10%左右，但北京所建的保障房项目却处于亏损状况，其原因在于北京项目到了政府之前规定的销售时间，但政府相关销售方案却迟迟未出台，导致该项目所有
楼盘不能按时销售，参与该项目的7家开发商全部亏损。类似亏损案例还有很多。
许多企业对保障房建设也抱着畏惧的心态。 4月29日，广州市首幅配建保障房住宅地拍卖遇冷，现场零举牌成交，地块由保利地产以7.885亿元拿下，仅略高于起始价500万元，折合楼面地价每平方米4407元。
“在现有的制度安排下，企业建保障房是很难保证不亏损的。”北京住总集团董事长张贵林曾在接受本报记者采访时坦言。他认为，必须进行制度上的探索，才能够吸引更多的房地产企业加入保障房建设，变成一种可持续的力量。
中铁相关负责人向本报记者表示，在相关规则不明确，政策不完善的情况下，中铁只会采取承建的方式来参与保障房建设。相对于投资带来的不确定性，承建收取的是固定费用，更能保证企业的回报。另亦有一些央企明确表示，必须找到稳定的盈利模式后，再加大保障房的建设力度。
也有一些先行央企的盈利模式探索走在前面。中国建筑就是之一。该集团董秘孟庆禹称，中国建筑正在探索多种盈利模式，一方面完成央企职责，另一方面，也不会令股东利益受损。
具体的盈利模式包括施工总承包、限价开发和混合开发、成本加薪金竞标服务、BT 投资和城市综合开发模式。其中施工总承包模式收益率为3%-6%，BT投资模式收益率可达8%-10%。
混合开发则包含一次竞拍拿地、统一支付地价，其中商品房开发不限售价和销售对象，保障房开发按规定运作，收益率也能够达到10%。据了解，中海在广州金沙馨园即采用了该模式。