为疏散中心城区人口和减低建筑密度，节约和合理利用城市土地和空间资源，也为实现危旧房改造资金的平衡，《实施意见》明确，对危旧房（棚屋区）改造项目中涉及的住房，将采用由专业评估机构的双评估方式确定拆迁补偿安置方案，鼓励拆迁户选择货币补偿或异地保障房（安置房）安置方式。对选择货币补偿方式的，2年内购买商品房、二手房或政府提供的限价房的，契税按其购房款扣除拆迁货币补偿款和货币补偿奖励费后的余额为基准征收。
《实施意见》规定，对危旧房（棚屋区）改造项目的拆迁户，凡是在规定协商期内搬迁的，按照原房屋区位补偿的10%~20%给予搬迁奖励。
对选择异地保障房（安置房）安置方式、降低2个地段等级以上（含2个地段等级）安置的，按原房屋区位补偿价的10%给予异地安置奖励，安置房源由市政府统筹各区社会保障房（安置房）对接。
但对于超过规定协商期搬迁的，《实施意见》规定一律取消上述奖励。
对危旧房（棚屋区）改造中的困难户，凡符合条件的，可享受廉租住房保障政策待遇。
对危旧房（棚屋区）改造中的厂房、办公用房和营业性用房，原则上实行货币补偿。