合作建房虽然可降低购房成本，但由于这种建房模式是大家共同出建房款，因而在操作过程中的资金安全性问题也引起房地产监管部门的担心。有关部门提醒，合作建房作为一种新生事物，操作困难很大，时间也无法预计，不确定性因素很多。所以，市民在看到其美好一面的同时，也应对其伴随而生的风险进行充分考虑。　

　　哈尔滨市房产住宅局有关人士在接受记者采访时表示，个人合作建房能为百姓提供低价的房子，出发点是好的，但这件事缺乏必要的配套政策，存在着法律和监督盲点，没有相应的监督。尤其是合作建房的资金监管是最令人担忧的问题。当今社会诚信缺失现象时有发生。正规注册的法人企业、各种银行、信贷机构中，携款逃之夭夭的单位或个人屡见不鲜。而个人合作建房属老百姓自愿、约定的一种行为，在法律上，一旦发生资金风险，处理起来将相当困难。

　　此外，参与合作建房的群体是由许多个体市民组成的，大家为了同一个目标聚集在一起，但在他们的要求各不相同的情况下，很容易引起民事纠纷，作为合作建房组织，是否有相应的办法协调并统一大家的要求？在房屋建设过程中，集资建房的个人难免会面对复杂的开工手续，难免会与水、暖、电、气等部门打交道，这些部门的态度直接关系到合作建房的成败。

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　　温州个人合作建房重走房产开发老路

　　2006年11月，温州个人合作建房项目委托的开发商以一亿多元的价格取得了一个30亩地块的开发权。据当时测算，这一地块均价为每平方米4100元，预计建成后房屋成本价为每平方米5300元，远低于周边楼盘的市场价，将能达到个人合作建房低于市场价30%的目标。然而，温州个人合作建房人在成功“拿地”后，再也无法取得进一步的突破。2007年10月，温州合作建房人最终选择将合作建房项目纳入房地产开发程序进行建设。256名会员全部转为项目的投资股东。根据商品房开发模式，项目完成后，所有房源将公开销售，房价也将上涨。这不仅意味着256名股东很难如愿买到房子，也偏离了让每个合作建房人买到廉价房的初衷。