根据了解，清理检查工作分三阶段进行。一是自查清理阶段（2月20日至3月31日），地方各级国土资源主管部门会同有关部门，组织开展本行政区域内的自查清理，将增减挂钩试点项目区和农村土地整治项目上图入库，纳入“一张图”管理。
二是检查纠正阶段（4月1日至4月30日），国土资源部会同有关部门，制定纠正整改的政策意见，省级国土资源主管部门会同有关部门组织纠正整改。三是抽查总结阶段（5月1日至5月30日）。国土资源部会同有关部门进行抽查，对自查清理和纠正整改工作不力的，督促限期整改，限期整改期间暂停下达挂钩周转指标，暂停土地征收和农转用审批。国土资源部对清理检查工作进行全面总结，提出进一步加强监管和深化改革的政策措施。