其主要原因：一是对拖欠租金、拒绝退出廉租住房的行为，缺乏有效措施和明确规定；二是入住廉租住房的部分家庭，在其收入发生变化已不符合实物配租条件后，大多仍无能力购置新住房，腾退其现有廉租住房确有困难。
审计指出上述问题后，截至2010年8月底，重庆、广州等7个城市采取分户计费、入户催缴等措施加大了租金、物业费的催缴力度，重庆、平凉等地采取了有偿劳动抵扣租金或聘用本小区人员承担物业服务工作等措施，在一定程度上缓解了租金、物业费收取难的问题。
一些地方存在套取、挪用保障资金等问题
——1.5亿元廉租房保障资金被挪用，34个项目套取补助资金6129万元
在重点调查的32个城市中，有6个城市和4个县将廉租住房保障资金用于回购经济适用房和工作经费等支出，共计15231.3万元；有6个城市的34个项目利用虚假申报材料等，套取新建廉租住房中央预算内投资补助资金6129万元。
审计指出上述问题后，截至2010年8月底，审计发现的挪用的廉租住房保障资金15231.3万元已全部归还，利用虚假材料套取新建廉租住房中央预算内投资补助资金的问题均已通过调整项目或补办手续的方式整改完毕。
此外，审计调查还发现并向有关部门移送违法犯罪案件线索1起，有关部门正在依法立案查处中。目前，已有1名副厅级和1名正处级干部被依法逮捕，同时均被开除党籍和公职；1名正处级干部被行政撤职和留党察看2年；涉案的民营开发商1人被依法逮捕、1人被取保候审。