目前，多数地方政府在试点保障性安居工程时仍将其锁定在郊区、农村，不想让保障性安居工程影响其城市房地产市场。而有的地方政府已经在积极对城市旧城区改造等地段实行保障性安居工程。这些地方政府通过引入开发商等做法，使保障性安居工程建设资金链保持稳定、持续。
李克强指出，当前保障性安居工程开展地区多数是基础设施不完善的地区，政府通过运作这些项目，可以获得土地增值收益，还可以扩大就业，发展服务业，从长远来看，地方政府从保障性安居工程中是可以获得收益的。同时，地方政府要做好分配工作，不能使保障性安居工程出现分配腐败等问题。
王宏新认为，当前商品房库存比较大，销售比较难的情况下，很多地方政府停止了限价房和经济适用房的建设，转而向市场收购。与此同时，政府层面大力建设保障性安居工程，这将改变目前的保障性住房体系格局，使低收入者得到保障，而让原本属于市场调节的商品房购买者回归市场。
政府大规模对保障性安居工程投资的外力影响下，中国房地产市场“双轨制”格局将日益明显。