——未及时清理中央农业综合开发财政有偿资金。1998至2007年，中央财政安排该项资金累计299.31亿元，其中2007年安排20.73亿元，年底余额89.54亿元。这部分资金属于财政周转金性质，国务院1999年就要求彻底清理此类资金，一律只收不贷。

　　——向不承担国债分销业务的社保基金理事会支付国债发行手续费。2007年，社保基金理事会向财政部购买国债293.5亿元，财政部按照国债承销主协议的有关规定向其支付国债发行手续费2842万元。国债发行手续费是财政部对国债承销单位发行国债给予的一种费用补助，社保基金理事会只是国债的最终购买者，不从事国债宣传和分销工作，不产生发行费用。

　　——未完成南水北调工程基金征缴任务。截至2007年底，应收未收南水北调工程基金35.97亿元。

　　——少数投资项目审批把关不严，安排投资失当。2007年，发展改革委向已实施政策性破产、财政部已安排了破产补助资金的4个煤矿，向两个煤矿的已完工安全改造项目，向已改制为有限责任公司且无国有股权的3家公司，共安排煤矿安全改造资金5824万元；2006年向不具备申报条件的北京市一家公司安排国家服务业发展引导资金400万元。