南线方案
沿外福铁路入境，在荆溪组团附近过闽江，沿福银高速公路东行，在科技城（南通南屿）设站；远期继续东行至长乐滨海新城，设福州东站，并可考虑继续东延至机场；远景预留至台湾通道。
该方案与城市发展结合紧密，近期可充分利用交通枢纽的引导作用，带动科技城副中心的建设。远期延伸至长乐，可带动长乐濒海新城发展，同时可考虑继续向东延伸至长乐机场，使高铁站与机场联合形成高速枢纽地区。
而根据轨道交通网调整方案，可通过轨道３号线连接市中心区、北站与科技城站，科技城站与南站也可通过换乘１号线衔接。科技城站与机场间可开通专线巴士，通过福银、沈海、机场高速公路快速连接。