首先，缴清房款的认定标准，即小业主按合同价款付清房款，但是实测面积和合同签订的面积是有差异的，这个存在多退少补的问题。按照规定，如果实测面积超过合同面积的3%，小业主要向开发商补交房款。但由于这些楼房多是历史遗留问题，有的开发商已经倒闭了，那么这笔钱应该补给谁，目前政府部门正在研究相关的问题。

　　第二，回迁房的面积超过了当时拆迁补偿协议的面积，多出的面积是否要补交房款的问题。

　　第三，有部分商住楼，商业裙楼还没建设完毕，但楼上的住宅部分已建成并交付小业主入住。这种情况属于部分烂尾，按照规划验收的规定不能进行验收。因此，考虑先把住宅部分进行验收发证。

　　第四，《若干意见》提到1997年4月1号以前报建房屋暂时不需要提交合格证，这个就是对1997年4月1号报建实点认证问题。

　　第五，合法建设和违法建设，存在同一栋楼里面的问题。《若干意见》里面规定，此类情况可以分期进行规划验收，对合法建设的部分先验收，对违法建设另外再处理。

　　第六，档案资料的采信问题。有部分楼盘的资料有复印件在国土房管局的档案库内。这部分资料是否可直接采用，目前尚在讨论中。

　　第七，多次转让的，是否凭相关的协议可以认定权属。据了解，虽然这部分房产未拿到房产证，但过往有私下买卖进行转手。